克林顿出生于阿肯色州的霍普，然后在温泉城长大。克林顿的本名叫威廉·杰斐逊·布莱斯三世（William Jefferson Blythe III），他的父亲小威廉·杰斐逊·布莱斯是一名推销员，在比尔出生前三个月因车祸去世。比尔出生后，他的母亲弗吉尼亚·德尔·卡西迪独自一人前往新奥尔良学习护理，将比尔留在了开杂货店的外祖父母身边。

当时，美国南部仍然处于种族隔离状态，比尔的外祖父却打破社会惯例，允许所有种族的人以赊帐的形式购物。1950年，比尔的母亲从护士学校毕业回到霍普，不久与温泉城的汽车经销商罗杰·克林顿结为夫妻。此后，比尔就与母亲和继父共同生活在温泉城。克林顿就是由母亲和这位继父抚养的，他在15岁那年正式将姓氏改为“克林顿”。克林顿在一个暴力家庭中长大，继父是个酒鬼和赌徒，经常虐待克林顿的母亲和他同母异父的兄弟小罗杰（1956年出生）。

克林顿在学校的成绩出色，而且是个很好的萨克斯演奏手，他曾一度想要成为一名专业的音乐家。在高中时他作为全国学生代表到白宫与当时的美国总统约翰·肯尼迪见面。这次的白宫之旅让他下定决心要成为一名公务员。 　　

出身贫寒的克林顿在乔治城大学外交学院拿到国际关系学位后，又获得了罗兹奖学金，得以到英国牛津大学深造，1973年又获得了耶鲁法学院的法学学位。在耶鲁他遇到了希拉里，两人在1975年结婚。他们育有一个女儿切尔西（1980年出生）。